幕府的统治，有优点，但是缺点更加突出，那就是难以形成真正的合力，一旦遭遇外界的入侵和打击，以军人集团为首的权力阶层，不管是幕府还是藩国，因为各自的需求不一致，极容易造成分化的局面，他们不可能团结一致对外，甚至可能内部就出现分裂。
郑芝龙是了日本幕府统治内幕的，不过皇上更加了解。
登陆之后，杨贺严格按照皇上旨意的要求开始作战，凡是遇见抵御的藩国军队，水师将士毫不留情的打击，那些愿意与大明朝廷交易的藩国，杨贺则是按照郑芝龙的建议，甚至直接派遣郑芝龙与对方商谈交易。
水师出发之前，徐望华曾经建议派遣文官跟随，但这个建议遭到了周延儒等人的反对，他们认为郑芝龙其实就是文官，现在是户部郎中，若是另外派遣文官，不熟悉日本的事情，做出的决定若是不合适，可能造成不好的影响。