北京的学潮渐退，南方却又风云突变，17日，曹锟将一封电报转给北京政府，电报是吴佩孚发来的，在电报上吴佩孚称直军在湖南戍守两年，如今战士们都思乡情切，加上积欠军饷使部队陷入困境，所以“北望叩首，涕泣哀恳”，要求撤防回到直隶。电报到了徐世昌的手里，徐世昌缄口不语，靳云鹏又去找段祺瑞请示，段祺瑞也不发一语。但不说话的徐世昌和靳云鹏是不知道该怎么办，不说话的段祺瑞却是知道只能怎么办，吴佩孚南下时寂寂无名，再回来可就是海内虎将，若与曹锟合兵一处，皖系江山立时就会土崩瓦解。因此，段祺瑞密令沿途各皖系军阀，无论如何都要阻止吴军北归。
吴佩孚的事情让靳云鹏忧心忡忡，而此起彼伏的爱国运动和学潮更让他殚精竭虑。19日，济南各校复课，但不久天津又爆发学潮。24日，天津警察厅长杨以德奉命逮捕了学生代表8人、各界代表7人，并查封了学联和各界联合会。29日，天津学生再次向省长曹锐请求撤换杨以德，释放被捕代表，恢复学联和各界联合会。不想曹锐反而指示军警打伤学生50余人，并将4名学生代表绑起来游街示众。31日，北京学生数万人冒雪游行，上海各界亦召开国民大会声讨段祺瑞、徐树铮等人。段祺瑞对学潮愈演愈烈大为震怒，他怒斥靳云鹏软弱，并指挥段芝贵采取强硬手段应付学潮。消息传出，学生并未退缩，大量学生依然涌上街头。2月5日，北京军警当局在皖系军阀的指示下拘捕学生43人，6日，北京政府发布了“严厉取缔和镇压学潮”的命令，并出动大量军警把守住北京的各大院校，不许学生外出，并割断电话线，北大、高师更是受到最为严密的封锁。因为事态紧张，靳云鹏也不敢到国务院办公，陆徵祥和陈箓则在13日请求辞职，17日，陈箓被劝回部。